A NVIDIA anunciou que o padrão de programação OpenACC tem permitido que pesquisadores chineses acelerem o aplicativo de genômica DNADist, que é usado nos estágios iniciais do desenvolvimento de tratamentos para alterações genéticas como síndrome de Down, hemofilia, fibrose cística e doença falciforme.
Utilizando o compilador OpenACC da CAPS, pesquisadores da Shanghai Jia Tong University aceleraram o software DNADist em 16 vezes com o uso da tecnologia NVIDIA Tesla baseado em GPU, adicionando dicas simples ao código do aplicativo. O DNADist é um aplicativo de matriz de distâncias para o estudo das relações genéticas entre várias espécies ao longo da história da evolução.
Esse aplicativo permite que pesquisadores extraiam informações de dados do DNA sequenciado pela leitura de sequências de nucleotídeos, o que pode potencialmente levar a uma maior compreensão das causas de doenças genéticas e seus respectivos tratamentos.
A aceleração do aplicativo DNADist permite que os pesquisadores estudem um intervalo bem maior de dados de entrada e obtenham informações passíveis de ação mais cedo durante o processo de pesquisa para o tratamento de doenças.
Já o OpenACC, padrão de programação para a computação paralela usando diretivas, foi projetado para permitir que milhões de pesquisadores em todo o mundo possam tirar proveito com facilidade do poder de transformação da computação com GPU. Ele fornece a maneira mais fácil para que usuários, especialistas ou não em programação paralela, acelerem suas pesquisas em questão de horas usando modelos de programação familiares.
“Extrair dados de sequenciamento genético de DNA disponíveis exige um poder de computação cada vez maior”, afirma Arnaldo Tavares, gerente de desenvolvimento de negócios da NVIDIA para a América Latina. “O OpenACC permite que os pesquisadores analisem uma quantidade imensa de dados genômicos com rapidez, o que reduz drasticamente o tempo de estudos dos sistemas biológicos levando ao desenvolvimento de medicamentos avançados e super eficazes”, finaliza Tavares.
Roche
Oferecendo uma aceleração de aplicativos o OpenACC permite aos principais laboratórios farmacêuticos do mundo, como a Roche, a capacidade de pesquisar, identificar e desenvolver medicamentos mais eficazes em menos tempo e com custos mais acessíveis.
“Estou impressionado com a rapidez e a facilidade com que o OpenACC liberou todo o poder da aceleração por GPU para o DNADist, que é um dos nossos aplicativos mais críticos”, diz Steve Pan, diretor de projetos de informática da Roche Pharma Global. “O potencial de impacto das GPUs não têm preço, pois fazem com que nossos produtos cheguem ao mercado mais rapidamente. Ainda que a antecipação seja de apenas um dia, isso pode significar muitas vidas salvas”, comenta Pan.
Um número significativo e crescente de pesquisadores e engenheiros vem usando compiladores com OpenACC e sistemas de computação híbrida com CPUs e GPUs para acelerar todos os tipos de aplicativos, incluindo CAD/CAM, processamento de imagens, ciência dos materiais, dinâmica molecular, química quântica e muitos outros. Em muitos casos, os usuários estão relatando que alcançaram uma aceleração 5 a 10 vezes maior em apenas algumas horas de trabalho.
